作為中外文化的探索者，海上絲綢之路不僅是貿易之路，更是對話之路，是古代東西方文明碰撞、交流之路。而有“海上敦煌”之稱的宋代沉船“南海1號”，則如遠古絕唱，媲美西域絲路上的敦煌飛天壁畫，記載著千年傳奇。海上絲綢之路博物館的概念正源于這樣的一種文化碰撞。它既需要滿足沉船在館內展示和存放的特殊功能，也應是一座能將海上絲路的需求與不朽的建筑藝術融會貫通的優雅建筑。

建筑物由五個關聯艙體組成，外部形體呈現為優美延展的連續曲線，動態的輪廓與南海的起伏相互呼應，猶如即將展翅的海鷗；面向大海開放的姿態見證著先人勇于開拓的冒險精神。

“艙體”的構想，隱喻了船只的組成結構，艙體拱形的受力形式，更是大跨度空間合理的結構形式，為“南海1號”的水下存放提供了最適合的空間。在橢圓艙體這一單細胞概念上進一步發展，延伸出了“關聯艙體”概念，五個“關聯艙體”包括六大功能系統：展示系統、服務系統、后勤及安全系統、科研系統、庫存系統和設備系統。各功能系統既相對獨立又彼此關聯，分區關系清晰明確。這樣的結構及空間體系與整體外部形象高度統一，亦同時隱喻了船只的組裝過程，回應了南海1號的主題。

由于項目緊靠海邊，選擇了以混凝土為主的結構系統以抗腐蝕；更擯棄過多的室內裝飾，表現純結構的美感，進一步強化艙體的概念，同時減少建造成本。